日本鐵路周遊劵 JR PASS 抵用路段

萬人中央孤獨的漂亮
12月要到日本北海道+東京10天,買了JR PASS7日卷,已經爬文官網的說明了,但還是想再次確定搭乘的路段有沒有是不能用JR PASS抵用的?我列出我會搭乘的路段與車種,煩請了解日本交通的大大幫忙回答,(請不要貼官網的說明給我喔!)謝謝~
DAY1
‧ 新千歲機場→札幌:JR快速エアポート
‧ 札幌→時計台:JR巴士都心內
DAY2
‧ 札幌→登別:JR北海道─特急北斗8號 or [特急]すずらん7号
DAY3
‧ 札幌→啤酒博物館:中央巴士環88號
‧ 札幌車站→南小樽:JR北海道─[快速]エアポート101号 or [快速]いしかりライナー
‧ 小樽→札幌:JR北海道─[普通]函館本線
DAY4
‧ 札幌→西町北20丁目:バスターミナル乘往小樽的高速巴士(丹山經由)
‧ 札幌→函館:JR北海道─[特急]北斗14號
DAY5
‧ 函館→五陵郭:JR北海道─[快速]エアポート101号
‧ 函館→上野:JR東日本─[寢台特急]北斗星(已網路訂票,已付寢台、特急費)中間非JR鐵段:補多少錢?

DAY6
‧ 上野→日暮里:JR東日本[普通]山手線
‧ 上野→龜有:JR東日本[普通]山手線→東京地下鉄(メトロ)[普通]東京メトロ千代田線→JR東日本[普通]常磐線各停
‧ 龜有→銀座:JR東日本[普通]常磐線各停→東京地下鉄(メトロ)[普通]東京メトロ千代田線→東京地下鉄(メトロ)[普通]東京メトロ日比谷線
‧ 銀座→神田:東京地下鉄(メトロ)[普通]東京メトロ銀座線
‧ 神田→日暮里:JR東日本[普通]京浜東北・根岸線
第七天
‧ 日暮里→舞浜:JR東日本[普通]山手線→JR東日本[普通]京葉線

另外想請問:
1.從函館到上野中間有一段非JR的鐵段,要補多少錢?
2.以上有哪些車程是建議需先劃位的?
3. 前7天用JR PASS,但到東京的後三天已不在JR PASS的使用範圍,請問有否優惠票卷適合在東京短距離移動時使用的?

最後非常非常感謝爬文我的發問,阿哩阿斗~:-)