持非全國PASS搭寢台列車的問題

請問:假如我持有JR 北海道3日PASS及JR東日本通票(5日任選)搭仙后號上野到札幌或是Twilght express由直江津(JR東日本通票範圍內)到札幌，是不是只要補寢台費及特急料金，還需補運費嗎?

先答運費問題，坐仙后座號要補盛岡至青森一段私鐵運費，理論上青函隧道那一段兩款車也要補。

但有一個重要問題：如果在北海道外弄好北海道三日PASS？你的行程在東京出發還好解決，可以在成田機場、羽田機場、東京站買（不能海外買完兌換）。如果不是的話還是用全國版 JR Pass 。